Der Klinik obliegen die Durchführung des Erwachsenenmaßregelvollzuges nach § 63 StGB und nach § 64 StGB. Auch die einstweilige Unterbringung gemäß § 126a StPO wird hier vollzogen. 
Der Maßregelvollzug synonym die Forensische Psychiatrie und Psychotherapie hat die Aufgabe, suchtkranke bzw. psychisch kranke Straftäter, die juristisch untergebracht wurden, zu sichern und zu behandeln. Eine Unterbringung kommt immer dann in Betracht, wenn ein Straftäter bei Begehung der Tat aufgrund seiner psychischen Erkrankung gar nicht oder nur eingeschränkt das Unrecht seiner Tat einsehen bzw. nicht nach dieser Einsicht handeln konnte (Schuldunfähigkeit bzw. verminderte Schuldfähigkeit) oder wenn er die Tat aufgrund seiner Suchterkrankung beging. Daneben muss aufgrund der Erkrankung die Gefahr weiterer Straftaten gegeben sein. Betroffen davon sind im wesentlichen Patienten mit Erkrankungen aus dem schizophrenen Formenkreis, Patienten mit einer Intelligenzminderung oder einem Abhängigkeitssyndrom bzw. einer Suchterkrankung. 
Der Maßregelvollzug ist die Aufgabe des Freistaates Bayern und wird durch die Ärztliche Direktorin der Klinik für Forensische Psychiatrie und Psychotherapie als untere staatliche Maßregelvollzugsbehörde im BKH Günzburg durchgeführt. Die Fachaufsicht ist das ZBFS (Zentrum Bayern Familie und Soziales, Amt für Maßregelvollzug); der Kostenträger ist der Freistaat Bayern.

Ziel der Behandlung im Maßregelvollzug nach den §§ 63 und 64 StGB ist es, das Rückfallrisiko durch einen mehrdimensionalen Therapieansatz, welcher sich an der multifaktoriellen Ätiopathogenese  psychischer Erkrankungen orientiert, zu minimieren. Dieser beinhaltet sowohl psycho- als auch soziotherapeutische Maßnahmen sowie eine suffiziente und moderne Psychopharmakotherapie, wenn notwendig. Die Behandlung und Resozialisierung psychisch kranker Straftäter werden von der jeweiligen Strafvollstreckungskammer juristisch begleitet, indem lt. § 63 jährlich bzw. lt. § 64 halbjährlich die Notwendigkeit einer weiteren Behandlung überprüft und ggf. die Entlassung bei einer günstigen Legalprognose angeordnet wird (§ 67 e/d StGB). Nach Entlassung tritt lt. § 68 StGB in der Regel Führungsaufsicht ein.

Im Rahmen dieser Führungsaufsicht erteilt die zuständige Strafvollstreckungskammer die Weisung zur "Ambulanten Forensischen Nachsorge".

Dies wird durch das multiprofessionelle Team der Forensischen Nachsorgeambulanz (Fona) der Klinik für Forensische Psychiatrie am Bezirkskrankenhaus Günzburg mit bedarfsorientierter Betreuung mit Hausbesuchen und Ambulanzterminen in Zusammenarbeit mit der Bewährungshilfe und bei Bedarf zusätzlicher Institutionen umgesetzt und umfasst die Zeitspanne von der Entlassung aus dem Maßregelvollzug bis zum Ende der Führungsaufsicht.

Ziel ist der Erhalt des stationären Therapieerfolges mit Aufrechterhaltung der Rückfallfreiheit bzw. der Verminderung der Gefährlichkeit zum Zwecke der Verhinderung erneuter Straftaten.

Weitere Informationen können der Broschüre "Hinweise für untergebrachte Personen im Maßregelvollzug" entnommen werden.